Nawet w życiu bardzo pobożnym może człowieka opanować mniej lub bardziej silne wątpienie, a nawet zwątpienie. Poddaje się wtedy w wątpliwość różne prawdy wiary, a nawet istnienie Boga. Wątpliwości obejmują czasem tylko obszary niewiedzy, czegoś się nie rozumie, czegoś się nie wie. Ale może być też zwątpienie dotyczące sensu, np. sensu modlitwy, spowiedzi, Mszy św.
Różne wątpliwości w życiu religijnym wynikają często z braku wiedzy. Chodzi tutaj o wiedzę z zakresu religii, nauki Kościoła, Katechizmu, Pisma Świętego - chodzi o wiedzę prawdziwą, rzetelną, a nie szczątkową, zasłyszaną i naiwną. Nie można bowiem mylić wiedzy religijnej, z wiedzą o życiu duchowieństwa. Ale przyczyną wątpliwości są też cechy osobowości, takie jak nadmierna dociekliwość, chęć zrozumienia wszystkiego, podejrzliwość i nieufność, czepianie się, szukanie sensacji. Czasem wątpliwości mają inną przyczynę. Doświadcza się wtedy Boga nieobecnego, zna się Go bardziej z tego, że odczuwa się Jego brak. Wtedy Boga się nie doświadcza, ale bardzo gorąco i intensywnie się Go szuka, mimo wątpliwości. Nie muszą się one jednak zakończyć niewiarą. Jeśli mamy dobrą wolę i zaufanie do Boga, Jego łaska działa cuda, a kryzysy i zwątpienia mogą spełnić rolę oczyszczającą.